Na de dood van David van Bourgondië wenste keizer Maximiliaan van Habsburg een opvolger te benoemen die de politiek van zijn voorganger zou voortzetten. De keizer liet het oog vallen op zijn volle neef Frederik, markgraaf van Baden, geboren op 8 juli 1458. Hij was de zoon van Karel I, markgraaf van Baden en Catharina van Habsburg en had gestudeerd in Freiburg im Breisgau en in Parijs.
Al vroeg werd Frederik bestemd voor een geestelijke loopbaan, hoewel hij alleen maar de lagere wijdingen had ontvangen. Frederik deed voor een jaarrente van 500 gouden gulden afstand van zijn aanspraken op het markgraafschap Baden.
Veel genegenheid kon Maximiliaan niet voor zijn neef opbrengen, maar hij had Frederik nodig als politieke zetbaas die de belangen van de Bourgondische dynastie moest behartigen. In 1480 werd Frederik domkanunnik in Keulen en in 1495 thesaurier van het domkapittel. Ten tijde van zijn bisschopsverkiezing was hij kanunnik en wijbisschop van Trier en kanunnik in Utrecht en Straatsburg. Voor zijn servitium moest Frederik 4600 goudguldens betalen. Dit bedrag kon hij niet zelf opbrengen. De markgrafelijke familie in Baden had echter goede contacten met het bankiershuis Fugger in Augsburg.
De bisschopsbenoeming bleek een uitgemaakte zaak te zijn. De twee andere voorgestelde kandidaten maakten geen schijn van kans en de kapittels waren niet gehoord. Op zondag 18 september 1496 deed Frederik zijn intocht in Utrecht. In Zeist had men de dag daarvoor door het luiden van de klok duidelijk gemaakt dat de bisschop het wereldlijk gezag over het Nedersticht had aanvaard.
Frederik arriveerde bij de Tolsteegpoort en reed via de Oudegracht en de Lichte Gaard naar het stadhuis en de Buurkerk. Daar verwisselde hij de wereldlijke kleding voor die van het bisschopsgewaad waarna hij zich voor de voorgeschreven plechtigheid naar de Dom begaf. Vervolgens ging het gezelschap naar het Groot Kapittelhuis. Daar verzochten de kapittels Frederik, ter wille van de veiligheid, het bestuur van het Nedersticht op zich te willen nemen. De hele route binnen de muren van de stad was versierd met eikenloof dat aan draden over de weg was gespannen. Niet in de Dom maar in de Carmelietenkerk aan de Lange Nieuwstraat vond in alle eenvoud zijn inwijding plaats.
De confirmatie van de paus liet op zich wachten maar Frederik wenste de eed op de privileges van de stad pas af te leggen als de pauselijke oorkonde zou zijn gearriveerd. Op kasteel Duurstede wachtte hij intussen de berichten uit Rome af.
Op 8 november 1496 was het eindelijk zover; Frederik deed opnieuw zijn intocht in Utrecht en nu werd hij bevestigd. Eind november vertrok hij naar het Oversticht, waar hij in Kampen, Zwolle en Deventer werd ingehuldigd. Hij resideerde tot eind december 1496 op het Olde Huys in Vollenhove om daar allerlei zaken te regelen. De nieuwe bisschop kwam niet alleen naar zijn diocees. Hij nam zijn broer en een aantal Duitse edellieden met zich mee, waaronder Georg Schenck van Toutenburg, de vader van de latere aartsbisschop van Utrecht.
Frederik streefde een minder sterk centralistische politiek na dan zijn voorganger. Hij wenste niet geheel aan de leiband van de Habsburgers te lopen, zeer tot genoegen van de Statencolleges van het Neder- en Oversticht. Frederik was vooral een wereldlijk heerser. Hij benoemde zelf zijn ambtenaren en hield toezicht op de administratie. De bisschop beschikte over een goed werkende kanselarij, die met hem meereisde. Het gevolg van de bisschoppelijke politiek was dat er tot 1505 vrede en redelijke rust heerste in het diocees. Wel moest de bisschop op zijn hoede zijn voor de strijdlustige hertog Karel van Gelre, die regelmatig ten strijde trok, eerst tegen Maximiliaan en later tegen diens zoon Philips de Schone en tegen Philips' kleinzoon, de latere keizer Karel V.
In 1505 trok Karel van Gelre met Franse hulp Overijssel binnen. Het platteland werd geplunderd en al gauw veroverde de hertog het strategisch belangrijke plaatsje Kuinre, dat evenwel in januari 1508 door Frederik weer heroverd werd. Hoewel een bestand enige opluchting bracht, was de verhouding van de bisschop met het Oversticht verslechterd. In datzelfde jaar kozen de Staten van het Nedersticht voor Karel van Gelre om geen problemen met de Gelderse hertog te veroorzaken, zonder echter het vertrouwen in bisschop Frederik op te zeggen. Deze keuze betekende wel een verdere verzwakking van het bisschoppelijk gezag.
Na een korte periode van rust ontstonden er in 1510 weer moeilijkheden. Er heerste in bepaalde kringen in de stad Utrecht een anti-Habsburgse stemming en daarom werden met de hertog van Gelre onderhandelingen aangeknoopt. De Staten van het Nedersticht en het Utrechtse stadsbestuur sloten een verbond met Gelre. De samenwerking met de bisschop bleef ondanks de gespannen verhoudingen met de landheer nog in stand.
In januari 1510 was de hertog van Gelre weer Overijssel binnengetrokken. Men plunderde Genemuiden en Kampen werd bedreigd. Vervolgens namen Karels troepen Oldenzaal in en brandschatten Twente. De hertog had grootse plannen: eerst het Oversticht veroveren en vervolgens vaste voet krijgen in Friesland en Groningen. De bisschop trachtte in te grijpen, maar de Geldersen waren nog te sterk. Bovendien waren de Staten van Utrecht niet van plan het Oversticht uit de problemen te helpen. Frederik riep toen de hulp in van aartshertog Maximiliaan, die de Gelderse troepen verdreef. In 1513 sloot men vrede. Hertog Karel kwam toen nog als overwinnaar uit de strijd. Hij had nu bijna alle macht in Overijssel en verstevigde die in Friesland en Groningen.
Bisschop Frederik heeft als geestelijk heerser, zij het in beperkte mate, van zich doen spreken. Ten eerste werden tijdens concilies de synodale statuten van David van Bourgondië uit omstreeks I480 tot kerkelijke wet verheven. Ten tweede ontvingen toekomstige priesters richtlijnen wat betreft hun opleiding. Ten derde wijzigde men de bepalingen met betrekking tot de aflaten en alles wat ermee samenhing. Er mochten bijvoorbeeld in het bisdom Utrecht zonder toestemming van het domkapittel geen buitenlandse questen (bedelacties) worden
georganiseerd. In Frederiks tijd werd er namelijk hard gebouwd aan het schip van de Utrechtse Dom. Het geld voor de bouw was voornamelijk afkomstig van aflaatgelden, gedwongen bijdragen en van bedelacties. In die tijd kwamen er steeds meer kritische geluiden, voorboden van de Reformatie, over de handel en wandel van de geestelijke bestuurders. Een zekere Wouter, een dominicaan, trok in 1510 tijdens zijn preken vooral van leer tegen onder andere de aflaatpraktijken. De bisschop zorgde ervoor dat deze monnik uit de stad werd verbannen.
Twintig jaar regeren van het bisdom had zijn tol geëist. De gezondheid van de kerkvorst ging steeds meer achteruit. Frederik wilde mogelijk begin 1516 de Utrechtse bisschopsstoel verwisselen voor die van het veel rustiger Metz. Maximiliaan wees dit verzoek evenwel af.
Al in 1513 ging van de bisschop als bestuurder niets meer uit. Van 1515 tot januari 1516 was hij niet in zijn bisdom aanwezig. Eind 1515, begin 1516 probeerde de bisschop een coadjutor te vinden om hem bij te staan. De Utrechtse kapittels accepteerden dit niet en protesteerden bij de paus. Zij zagen op deze manier hun stemrecht bij de bisschopsverkiezing voorgoed verdwijnen. In 1514 deed in Oost-Friesland zelfs het gerucht de ronde dat de bisschop overleden zou zijn. In 1515 stelde keizer Maximiliaan aan de latere keizer Karel V voor een tijdelijke vervanger voor de bisschop te zoeken. Toen Frederik daarop te kennen gaf terug te willen treden, vond hij wel gehoor bij het Centraal Bestuur in Brussel. Met name keizer Maximiliaan was bijzonder ontevreden over het bestuur van de bisschop. Van het in Frederik gestelde vertrouwen was weinig meer overgebleven. De keizer verweet hem vooral de breuk met de Staten van het Nedersticht. De verzelfstandiging van de Staten en de manier waarop de bisschop financieel door hen aan banden was gelegd had de bisschop veel van zijn gezag doen verliezen. Het was de keizer eveneens een doom in het oog dat de bisschop had toegestaan dat er nauwe betrekkingen waren ontstaan tussen Utrechtse kanunniken en de Gelderse hertog.
Ondanks alle kritiek op het functioneren van de kerkvorst is er over de terugtreding van Frederik van Baden toch nog vrij lang gesproken. Met de bisschop zelf kwam men wel snel tot overeenstemming. De geldbeurs moest daarvoor ver opengaan. Het Centraal Bestuur in Brussel had inmiddels het oog op een opvolger laten vallen. Het was Philips van Bourgondië, jongste bastaardzoon van Philips de Goede en een halfbroer van David van Bourgondië. Hij was admiraal en eerder onder David van Bourgondië slotvoogd op Duurstede geweest.
Na lang overleg met Rome werd de nieuwe bisschop op 18 maart 1517 benoemd door de paus nadat deze 12000 dukaten provisie van Karel V had ontvangen. Philips van Bourgondië kon pas een jaar later zijn ambt aanvaarden omdat de Staten van Utrecht, waarin ook de kapittels vertegenwoordigd waren, pas na lang onderhandelen met de benoeming akkoord gingen. Op 5 mei 1517 stuurden de Staten een afvaardiging naar Brussel, die het Centraal Bestuur meedeelde dat de afstand van de bisschop een feit was. De 15e mei ontmoette Frederik zijn opvolger op slot Duurstede. Men omhelsde elkaar en Frederik wenste Philips veel voorspoed toe, waarna men uitgebreid ging tafelen.
Spoedig daarna moet Frederik van Baden naar Lier in Brabant zijn vertrokken. Hij ontving een jaargeld van 5000 rijnse guldens, voor die tijd een enorm bedrag. Dit jaargeld verkreeg hij uit de inkomsten van verscheidene kloosters en abdijen. De bisschop heeft echter niet lang van zijn pensioen kunnen genieten, want op 29 september 1517 is hij in Lier gestorven en tijdelijk in de St. Gummarus begraven.
Op 25 april 1517, vlak voor zijn aftreden, werd het pand op de hoek van de Kromme Nieuwegracht en Achter Sint Pieter, dat eigendom was van Frederik van Baden, verkocht aan Adriaan Florisz. Boeyens, de latere paus Adriaan VI (1522-1523). Deze liet het bestaande huis afbreken en een nieuw gebouw optrekken, dat. wij nu nog kennen als Paushuize.
De kroniekschrijver Heda, geen vriend van Frederik van Baden, weet te vertellen, dat de bisschop 'uitermate op geldelijk bezit was gesteld'. De kerkvorst had sedert zijn benoeming zijn financiële zaken goed geregeld. Al in 1500 liet hij een jaarlijks terugkerende post in zijn testament opnemen in verband met de memoriediensten, de kerkelijke plechtigheden ter nagedachtenis van een overledene. Tijdens deze vigiliedienst (nachtwake) zou het gezelschap zich al zingend in processie vanuit het koor van de Dom naar het schip moeten begeven om daarna weer op het koor terug te keren. Voor zijn totale memorie had Frederik 900 rijnse goudguldens gereserveerd. De diensten zouden op de dezelfde wijze moeten worden gevierd zoals ze hadden plaatsgevonden tijdens de memorie van bisschop Guy van Avesnes (1301-1317).
De familie van de overleden bisschop wenste niet dat Frederik in Utrecht begraven zou worden, maar in de Stiftskirche te Baden-Baden. Daar werd omstreeks 1521 een grafmonument voor de bisschop opgericht.
Twee tegels (een is er verdwenen) met inscriptie op het hoogkoor van de Utrechtse Dom moesten de herinnering aan de bisschop levend houden.
Vier jaar na het overlijden van de bisschop, in 1521 liet zijn neef Philips van Baden een grafmonument voor zijn oom oprichten. Het Latijnse randschrift op de bovenste stenen plaat luidt:
Fredericus episcopus Traiectensis ex marchionibus Baden sibus hic iacet. Vixit annis (sic) LIX menses IJ dies XVI. Obyt XXIJIJ Septembris anno Domini M.D.XVII.
Vertaling: Frederik, bisschop van Utrecht, markgraaf afkomstig uit Baden rust hier. Hy leefde 59 jaar, 2 maanden, 16 dagen. Hy stierf op 24 september van het Jaar onzes Heren 1517.
Op de onderste stenen plaat staat een Latijns randschrift: Morte cum vita mutare plerosque vidi: secutus eosdem ecce iaceo. Vertaling: Ik heb velen het leven met de dood zien verwisselen. Ik ben hen gevolgd en kijk, ik lig nu hier.
bron: De bisschoppen van Utrecht van 690 tot 1581, Tine jonker-Klijn en Richard Roks, 2008, Stichting de Plantage / Utrecht, isbn 978 90 ….
