Het hof van kanselier en raden, dat opgericht was in 1553 ten tijde van stadhouder Jean de Ligne (1525-1568), graaf van Aremberg (en gevestigd op Het Oldehuis), maar door de staten werd tegengewerkt, week na 1578 ook uit naar Oldenzaal. De rekeningen van de spaansgezinde rentmeesters werden ter afhoring naar de rekenkamer te Roermond gezonden. In 1632 zijn de Overijsselse rekeningen en registers, afkomstig uit Roermond, bij het archief van de staten gevoegd. In het staatsgezinde deel van Overijssel bleef de hoge bank en klaring als appèlcollege bestaan. Daarnaast oefenden gedeputeerde staten (in 1593 als vast college ingesteld) behalve een bestuurlijke taak, ook toezicht uit op de goede gang van zaken in de procesgang. Meer en meer kwam de gewoonte op zich bij rekest tot de staten of hun gedeputeerden te wenden. De klaring raakte daardoor in onbruik.
De staten bestonden uit de leden van de ridderschap van Overijssel en uit vertegenwoordigers van de steden Deventer, Kampen en Zwolle. De ridderschap van Overijssel werd gevormd door de gezamenlijk optredende ridderschappen van Salland, Twente en Vollenhove. Elk van de drie ridderschappen en elk van drie steden benoemde één lid van gedeputeerde staten.
Ten tijde van de republiek der Verenigde Nederlanden werden de vergaderingen van ridderschap en steden, en ook van de gedeputeerden, meestal in Deventer, Kampen of Zwolle gehouden.
Gewestelijk bestuur 1578-1798
Na de afzwering van Philips II als landsheer, werden de staten van Overijssel soevereine bestuurders van dit gewest. De griffier van de stadhouder, Gijsbert Roelinck, sloot zich aan bij de opstand en werd zo griffier van de staten. Vanaf dat moment was er een zelfstandige administratie van ridderschap en steden.
Tot omstreeks 1630 zetelde in Oldenzaal een spaansgezinde regering met een eigen stadhouder.