Vanaf ca. 1540 won de gereformeerde (= na 1816 Nederlandse Hervormde) religie aanhang in Zwolle. In 1566 werden diverse hagepreken, ondermeer door Jan Arends, buiten Zwolle gehouden. De behoefte aan een eigen kerkgebouw deed hen in 1567 de Onze Lieve Vrouwekerk in bezit nemen. Dit had niet de goedkeuring van Jean de Ligne, graaf van Aremberg en stadhouder van Overijssel. Het resultaat van de onderhandelingen was dat de kerk weer in rooms-katholieke handen kwam en de gereformeerden vrijgesteld werden van strafvervolging.

De woelige jaren 1566-1576

Van 10 tot 21 augustus 1566 woedde de Beeldenstorm. In dat jaar werden in Vlaanderen ruim 400 kerken en kloosters door het teleurgestelde volk uitgeplunderd en vernield. De Noordelijke Nederlanden volgden. Ook in later jaren werden katholieke kerken het doelwit van felle protestan ten. De grote beeldenstorm van 1566 is aan Overijssel, enkele incidenten daargelaten, nagenoeg voorbijgegaan.

Overijssel had nauwelijks deel aan de woelingen die op 10 augustus 1566 in de Beeldenstorm ontaardden. Er was onder de hongerende bevolking wel oproer geweest, zoals in Zwolle tijdens Pinksteren. Daar werden toen geen kerken, doch bakkerijen bestormd. Bij de vierhonderd edelen die in april van dat jaar Margaretha het Smeekschrift hadden aangeboden, was niet de adel uit dit gewest vertegenwoordigd. Opvallend was hoe stadhouder Aremberg de adel hier van protesten wist af te houden.

Bij de eerste geruchten over uitbarstingen in het Zuiden hadden de drie Overijsselse steden (Zwolle, Deventer, Kampen) in een brief aan landvoogdes Margaretha van Parma gevraagd om de volgelingen der nieuwe leer een kerk ter beschikking te mogen stellen. Het antwoord liet lang op zich wachten. Om oproer te voorkomen gaf Zwolle in september de luthersen de Onze Lieve Vrouwenkerk in handen. De enige voorwaarde van het stadsbestuur was dat de katholieken hun kerk ook mochten blijven gebruiken. Toen de magistraat haar belofte niet snel genoeg nakwam, kraakten de protestanten de kerk en eisten ook de Michaelskerk op. Daar het gevaar van een omwenteling nu aanwezig was, kwam stadhouder Aremberg zelf naar Zwolle om de gemoederen te sussen.